O parâmetro utilizado na antiguidade, por exemplo, era o de movimento: se o organismo não se move, é planta; se o organismo se move, é animal. Nesse tipo de sistema de classificação, não se considera a evolução. Um sistema de classificação não tem como objetivo desvendar a história evolutiva de um grupo de organismos, uma vez que nem precisa reconhecer que houve evolução!
O objetivo de um sistema de classificação é simplesmente separar os organismos em grupos distintos para facilitar seu estudo. Esta organização se dá em geral a partir de parâmetros um tanto quanto arbitrários. É por isso que vemos, durante a história da biologia, diversas mudanças em relação à classificação dos organismos, pois conforme nova informação é descoberta, novos parâmetros são utilizados para a classificação.
A primeira fase da classificação dos seres vivos começou na Antiguidade, com o filósofo grego (384 - 322 a.C.), autor dos registros escritos mais antigos conhecidos sobre esse assunto e que datam do século 4 a.C. Por meio de suas observações, Aristóteles reconheceu características comuns entre certos organismos e concluiu que todos os seres vivos poderiam ser organizados em uma escala ou hierarquia, desde características mais simples até as mais complexas.
Em 1665, o cientista inglês Robert Hooke descreveu a célula a partir de cortes finos de cortiça observados ao microscópio de luz, mas foi com os trabalhos do holandês Antonie van Leeuwenhoek que o estudo dos micro-organismos teve um grande salto. Leeuwenhoek fazia observações com amostras do dia a dia, como raspas de placa dos seus próprios dentes, gotas d’água de chuva, vinagre etc. O mundo microscópico que encontrou era desconhecido da comunidade científica. Hoje se sabe que entre os organismos descritos por Leeuwenhoek havia tanto bactérias como unicelulares eucariontes, referidos na época como animálculos, pois podiam se movimentar, ou infusória, pois encontravam-se somente em meios líquidos.
Darwin publicou em 1859 o mais importante livro da história da Biologia: Sobre a origem das espécies por meio da seleção natural, que teve várias edições. Assim, a evolução passou a ganhar espaço na comunidade científica e é hoje o principal enfoque nos estudos biológicos. Desde então, as concepções evolutivas foram incorporadas na classificação dos seres vivos. Ao serem classificadas, as semelhanças morfológicas e estruturais passaram a ser complementadas com informações sobre as relações de parentesco evolutivo entre os grupos e a se construir filogenias ou filogênese dos diferentes grupos de seres vivos. Portanto, novos sistemas de classificação foram propostos procurando estabelecer as principais linhas de evolução desses grupos. Essas classificações são conhecidas por sistemas naturais, pois ordenam naturalmente os organismos, visando compreender as relações de parentesco evolutivo entre eles.
Em 1932 surgiu o microscópio eletrônico, propiciando estudos mais detalhados da morfologia celular. Esses estudos trouxeram reflexos na sistemática, com novas propostas para se entender a evolução dos seres vivos e, com isso, novas classificações e reinos.
A partir de 1970 até os dias de hoje, as propostas de classificação estão mais relacionadas com os avanços da biologia molecular, o aprimoramento dos estudos com microscopia eletrônica e com a maior aceitação e desenvolvimento da sistemática filogenética. Os seres vivos possuem DNA, RNA e proteínas. Organismos muito próximos apresentam similaridade maior entre essas moléculas.
A história da classificação dos seres vivos é longa, tendo início no século 4 a.C. com Aristóteles. Até os dias de hoje há grande discussão sobre as hipóteses de classificação, procurando entender as relações evolutivas entre os diferentes grupos de seres vivos. A diversidade biológica está em pleno processo de expansão do conhecimento. Novas espécies têm sido descritas a cada dia, com ênfase nos unicelulares. Novas metodologias de estudo relacionadas ao uso da biologia molecular e da microscopia têm revelado um universo enorme de seres vivos, cada vez mais difíceis de serem encaixados em um sistema rígido de classificação. Isso explica as diferentes propostas na tentativa de acomodar todos os organismos conhecidos e permitir prever onde novos organismos que começam a ser descritos possam ser encaixados.
